Organizacja Krajowej Informacji Skarbowej została określona regulaminem organizacyjnym Krajowej Informacji Skarbowej nadanym przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na podstawie Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów.

Na czele Krajowej Informacji Skarbowej stoi Dyrektor powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów na wniosek Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Kieruje on pracą Krajowej Informacji Skarbowej za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Naczelnicy wydziałów i kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym Krajowej Informacji Skarbowej.

Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Krajowej Informacji Skarbowej, określa regulamin organizacyjny Krajowej Informacji Skarbowej.